Столкнулся с такой проблемой. При отправке письма из php скрипта в заголовке письма не проставляется Message-id, что не очень хорошо. Так некоторые антиспам системы недолюбливают такие письма. Конечно, можно самостоятельно добавить это поле в заголовок письма, но есть более другой способ. Т.к. я использую exim как SMTP сервер, то я решил не переписывать PHP скрипты, а попросту добавил 1 строку в конфиг exim-а.
Было так:
acl_check_rcpt:
accept hosts = +relay_from_hosts

Добавив волшебную строку получилось:

acl_check_rcpt:
accept hosts = +relay_from_hosts
control = submission

control = submission автоматически добавляет в заголовки писем недостающие поля, такие как Message-id и Date.
Такой способ показался мне намного более правильным.